Os religiosos que entravam nos territórios despovoados do norte da Nova Espanha tinham a ideia de converter as nações "bárbaras" ao cristianismo e, assim, integrá-las também à vida política, para depois fundar escolas e cidades nas aldeias por elas estabelecidas.
Para alcançar estes objetivos, os pais, sempre acompanhados por grupos armados, se aproximaram dos gentios e lhes ofereceram proteção da Igreja e da Coroa espanhola em troca de receberem educação cristã. Os índios que aceitaram, congregaram-se para construir uma missão, tornando-se um refúgio para os índios e um local para aprender técnicas europeias de agricultura e outros ofícios.
Concluída a pacificação, a missão se tornou uma cidade incipiente com uma igreja, enquanto os missionários se mudaram para outro lugar para reiniciar seu trabalho evangelístico. Esse sistema era arriscado, porque os índios do norte certamente resistiram, pois eram mais hostis que os do centro e fugiam para as montanhas.
A conversão funcionou na base da concessão de terras e proteção aos índios em troca da obediência. Aqueles que se opuseram foram punidos, enquanto aqueles que organizaram rebeliões foram executados.
Uma vez montada a tribo indígena, integrou-se um núcleo principal ou cabeceira, que era formado por vários povoados e povoados a ela sujeitos. Os missionários residiam nas cabeceiras e eram responsáveis por pelo menos duas aldeias visitantes. Três ou mais missionários dependiam de um reitor e de um visitante local. Esses estabelecimentos juntos formaram uma Província.
Primeiramente foi erguida uma igreja de pedra e ao redor dela, com adobe, foram construídas casas para os frades que iam evangelizar, o sol, dados e famílias indígenas, e geralmente uma escola. Nos estabelecimentos havia o que poderíamos chamar de estrutura econômica primitiva. Eles tinham áreas para cultivo, semeadura, abertura de estradas e canais de irrigação; criação de gado, vegetais e atividade artesanal. Nas escolas ensinavam-se catecismo, leitura, escrita e música.
Com o passar do tempo, algumas missões foram completamente abandonadas devido a vários acontecimentos, como a expulsão dos jesuítas em 1767, a propagação de doenças trazidas pelos espanhóis, os ataques dos índios "bárbaros", as condições meteorológicas, as longas distâncias e o pouco dinheiro para mantê-los. Alguns são preservados hoje como igrejas e outros agora constituem populações de grande importância. No entanto, para algumas missões, apenas o local da sua localização inicial é conhecido e para outras apenas restam ruínas.
Os Jesuítas estabeleceram missões na Baja California Norte e Sur, Sonora, Sinaloa, Chihuahua, norte de Nayarit, parte de Durango e Coahuila. Após sua partida, os dominicanos se estabeleceram no norte da Baja California, enquanto os franciscanos evangelizaram Tamaulipas e Nuevo León e substituíram os missionários da Ordem de Loyola no sul da Baja California, Sonora, Sinaloa, Chihuahua, Nayarit, Durango e Coahuila. No centro norte, depois da rebelião dos zacatecos —que impediu a continuidade das missões franciscanas— os indígenas se organizaram em conventos.
Em 1563, o capitão Francisco de Ibarra percorreu o território que inclui o atual estado de Sinaloa e fundou algumas cidades. No entanto, duraram pouco tempo e só em 1591, por ordem do governador de Nueva Vizcaya, os padres jesuítas Gonzalo de Tapia e Martín Pérez foram encarregados de evangelizar a região.
Os religiosos cruzaram a Sierra Madre Ocidental em maio do mesmo ano, entrando por Acaponeta, Nayarit, e passando por Culiacán chegaram ao local, onde em 6 de junho de 1591 fundaram seu primeiro edifício: San Felipe de Sinaloa.
