A missão está localizada no Vale de São Miguel, e é regada pelo riacho de mesmo nome. Foi fundada em 12 de março de 1787 pelo dominicano Luis de SAles, mas no ano seguinte mudou seu assentamento original e se estabeleceu 7 km ao norte.
No ano de sua fundação, San Miguel registrava uma população de 137 habitantes; de 224 em 1800 a entre 350 e 400 em 1824. O clima úmido da região favorecia o cultivo de trigo, milho, grão de bico, feijão e cevada; Além desses produtos, foram utilizadas plantas silvestres, como mezcal, bolota e semente de chia. A proximidade com a costa permitiu a aquisição de sal e uma grande variedade de marisco e peixes. As terras adjacentes ao ribeirão San Miguel proporcionaram o pasto necessário para grandes rebanhos de cavalos, burros, mulas, gado e ovelhas, todos fundamentais para o desenvolvimento das missões na região.
55 km ao sul de Rosarito e 35 ao norte de Ensenada pela rodovia federal no. 1 (grátis), na localidade de La Misión.