Hidalgo partiu para Aguascalientes e fez o percurso para Zacatecas. Aqui ficou determinado que os principais líderes, com as melhores tropas e o dinheiro, partiriam para os Estados Unidos.
Já no caminho, eles foram feitos prisioneiros pelos monarquistas em 21 de março nas Norias del Baján ou Acatita del Baján. Hidalgo foi levado para Monclova, de lá partiu no dia 26 de março pelo Alamo e Mapimí e no dia 23 entrou em Chihuahua. Então o processo foi formado e em 7 de maio foi feito o primeiro depoimento. O caráter eclesiástico de Hidalgo atrasou mais seu processo do que o de seus companheiros.
A sentença de rebaixamento foi pronunciada em 27 de julho e em 29 de julho foi executada no Hospital Real onde Hidalgo estava preso. A corte marcial condenou o prisioneiro a ser armado, não em lugar público como seus companheiros, e atirando no peito e não nas costas, preservando assim sua cabeça. Hidalgo ouviu a frase com calma e se preparou para morrer.
O seu último dia foi assim descrito: “De volta à prisão, serviram-lhe um pequeno-almoço de chocolate e, depois de o tomar, rogou que em vez de água lhe fosse servido um copo de leite, que terminou com uma extraordinária demonstração de apetite e prazer. Um momento depois, ele foi informado de que havia chegado a hora de partir para a tortura; Ele ouviu sem alteração, pôs-se de pé e declarou que estava pronto para partir. Com efeito, ele saiu do cubo horrível em que se encontrava e, tendo avançado quinze ou vinte passos dele, parou por um momento, porque o oficial da guarda lhe perguntou se alguma coisa lhe foi oferecida para se desfazer por último; A isso ele respondeu que sim, ele queria que eles trouxessem alguns doces que ele havia deixado em seus travesseiros: eles realmente os trouxeram e, tendo-os distribuído entre os mesmos soldados que deveriam atear fogo nele e marcharam atrás dele, ele os encorajou e confortou com seu perdão e suas palavras mais doces para fazer seu trabalho; E como sabia muito bem que tinha recebido ordem de não atirar na cabeça, e temia sofrer muito, porque ainda era crepúsculo e os objetos não eram vistos com clareza, concluiu dizendo: “A mão direita que vou colocar no meu peito será , meus filhos, o alvo seguro a que deves ir ”.
“O banco da tortura tinha sido colocado ali num curral interior da referida escola, ao contrário do que foi feito com os outros heróis, que foram executados na pequena praça atrás do referido edifício, e onde hoje se encontra o monumento. que nos lembra dele, e do novo shopping que leva seu nome; e quando o fidalgo soube do lugar a que se dirigia, marchou com passo firme e sereno, e sem permitir que seus olhos fossem vendados, rezando com voz forte e fervorosa o salmo Miserere mim; Chegou ao cadafalso, beijou-o com resignação e respeito, e apesar de alguma altercação que não o fez sentar-se de costas, ocupou o assento de frente, colocou a mão no coração, lembrou aos soldados que aquele era o ponto onde deveriam atirar nele, e um momento depois a salva de cinco rifles explodiu, um dos quais efetivamente perfurou a mão direita sem ferir o coração. O herói, quase impassível, forçou sua oração, e suas vozes foram silenciadas quando outros cinco canos de fuzil foram detonados novamente, cujas balas, passando pelo corpo, romperam as amarras que o prendiam ao banco, e o homem caiu em um lago de sangue, ele ainda não havia morrido; foram necessários mais três tiros para concluir aquela existência preciosa, que havia respeitado a morte por mais de 50 anos ”.
Suas cabeças, com as de Allende, Aldama e Jiménez, foram colocadas em gaiolas de ferro nas esquinas da Alhóndiga de Granaditas em Guanajuato. O corpo foi enterrado na ordem terceira de San Francisco de Chihuahua, e em 1824 o tronco e a cabeça foram trazidos para o México, para serem enterrados com grande solenidade.
