Para o orgulhoso povo Tlaxcala, aliado e construtor da vila nas conquistas castelhanas, deve ter sido motivo de grande distinção o facto de San Miguel, o príncipe das milícias celestiais, ter aparecido na sua vila, deixando como outras invocações o seu respectivo potinho de água milagrosa.
Muitas vezes mencionado o Padre Francisco de Florencia S.J. Ele também enriqueceu as crônicas de Tlaxcala com a "Narração da aparência milagrosa que o Arcanjo San Miguel fez a Diego Lázaro de San Francisco, um paroquiano indígena da cidade de San Bernabé da jurisdição de Santa María Nativitas, estado de Tlaxcala", escrita neste colégio de São Pedro, 6 de março de 1690.
Era o ano de 1631 quando Diego Lázaro de San Francisco, que ia em procissão, o Arcanjo apareceu a ele sem que os outros percebessem, e mandou que dissesse ao povo que em um barranco próximo ele iria brotar uma fonte de água milagrosa para curar doenças. Como ele não acatou essa ordem por medo de não receber o crédito, o Arcanjo o puniu e adoeceu com cocolixtli. Estando no extremo da morte ele apareceu para ele novamente, mas agora todos viram uma grande luz que enchia a sala, deixando-o assustado. Quando voltaram, encontraram-no com saúde e ele lhes disse que o Arcanjo o havia levado ao lugar onde com seu cajado ele fez a milagrosa água correr e lhe deu saúde. Imediatamente os demônios fugiram em massa, o líder Tlaxcala.
Em 1645 o bispo de Puebla, Juan de Palafox y Mendoza, mandou construir o templo e a capela do poço. Esta cobre o meio-fio e tem um relevo que representa o momento em que o Arcanjo faz jorrar a água diante de Diego Lázaro. A fachada da igreja é maneirista, ao gosto de Palafox.
Possui sua heráldica e o tímpano abriga a escultura de alabastro de São Miguel. O frontão aberto é coroado com o brasão de Espanha, emoldurado pela corrente e pelo velo.
