Como não sabiam até onde se estendia o norte do país, os jesuítas chegaram a Chihuahua. No século XVII, o estado atual era constituído em sua parte sudoeste pelo que era conhecido como região das Chínipas, enquanto o restante do território era dividido entre o alto e o baixo Tarahumara.
As primeiras tentativas de evangelizar Chihuahua partiram das viagens dos jesuítas, anteriormente assentados no estado de Sinaloa. O primeiro a ser construído na região foi o erguido pelo padre Juan Castini em 1621 e conhecido como a missão Chínipas.
Os jesuítas trabalharam nas montanhas entre os índios Tepehuanes, Guazaparas e Tarahumara, enquanto os franciscanos trabalharam nos vales e planícies. O primeiro missionário estável na região de Chínipas foi o padre jesuíta Julio Pascual, martirizado em 1632 junto com o padre Manuel Martínez. Por volta de 1680, Frei Juan María Salvatierra deu um forte impulso à missão que se consolidou nos anos 1690 e 1730. Em meados do século XVII as missões jesuítas da região de Chínipas se tornaram uma das mais organizadas e avançadas.
Ao sul ficava o Nabogame onde ainda se pode ver a igreja, o pároco e a casa missionária que o padre Miguel Wiytz construiu em 1744. Na mesma área fica o Baborigame Satevo, que ganhou novo vigor com a administração do padre Luis Martín. e Tubares, fundada em 1699 pelo Padre Manuel Ordaz e revivida pela administração do historiador Félix Sebastián. Este último era considerado um dos mais ricos em igreja, casa, gado e fazendas. No centro estão as missões de Cerocahui, Guazapares, Chínipas, Santa Ana e no norte Babarocos e Moris.
A área de Tarahumara Baja foi evangelizada pela primeira vez pelo Padre Juan Fonte, que fez sua primeira entrada em 1608. Em 1639, o Padre Jerónimo Figueroa construiu a missão de San Pablo Balleza e a de Huejotitán (San Jerónimo), enquanto ao mesmo tempo o Padre José Pascual construía San Felipe. Na mesma região de Tarahumara também estão localizadas La joya, Santa María de las Cuevas e San Javier Savetó, esta última missão construída em 1640 pelo Padre Virgilio Máez.
No que diz respeito ao território dos Tarahumara Alta, que abrangia o centro e o norte desta entidade, o trabalho de evangelização foi iniciado pelos Padres Tardá, Guadalajara, Celada, Tarkay e Neuman. As missões incluídas nesta região foram: Tonachi, Norogachi, Nonoava, Narárachi, Sisoguichi, Carichi, San Borja, Temechí ou Temeichi, Coyachi ou Coyachic, Tomochi ou Tomochic, Tutuaca ou Tutuata, Papigochi, Santo Tomás, Matachi e Tesomachi. Em meados do século XVII, a missão jesuíta de Chihuahua tornou-se a mais bem organizada e administrada, com exceção das da Califórnia.
No território Chihuahuan também ocorreu o trabalho missionário dos franciscanos. O objetivo das religiosas era completar o vínculo que já existia no norte de Zacatecas, para o qual fundaram conventos em Chihuahua e Durango. Os conventos, como os jesuítas, deviam cumprir o objetivo de evangelizar os infiéis. Os edifícios realizados foram os de Nuestra Señora del Norte, que hoje é Ciudad Juárez, San Buenaventura de Atotonilco (Villa López), Santiago Babonoyaba, Parral, Santa Isabel de Tarahumara, San Pedro de los Conchos, Bachiniva ou Bacínava (Nuestra Señora de Natividad ), Namiquipa (San Pedro Alcántara), Carretas (Santa María de Gracia), Julimes, San Andrés, Nombre de Dios, San Felipe el Real de Chihuahua e Casas Grandes.
