Carlos V, por Decreto Real de julho de 1529, concedeu a Cortés o título de Marquês do Vale de Oaxaca e o cargo de Capitão Geral da Nova Espanha, com 23 mil vassalos e 11.550 km. de território, excluindo a cidade espanhola de Antequera de Guaxaca (fundada em 1523).
Esta última recebeu o título de cidade em 1532; seu golpe foi devido a Alonso García Bravo. Desde o início, funcionou como sede administrativa para funcionários reais e para aqueles comissionados pelo Marquês. Foi também a sede de onde começou a conquista espiritual. A dor dos indígenas perante a conquista militar e o mau tratamento dos encomenderos, foi suavemente mitigada pela chegada de homens prudentes, humanistas, humildes e afetuosos que enfrentaram destemidamente os encomenderos para defender os indígenas; mas que, por sua vez, deu o golpe mais forte ao destruir sua velha religião. Tais homens eram os da Ordem dos Pregadores, que um ano depois de sua chegada à Nova Espanha em 1526 iniciaram a evangelização de Huaxyacac.
Fray Domingo de Betanzos (1480-1549) foi o fundador dessa Ordem na Nova Espanha. Ele se encontrou com Cortés, que o apoiou em seus propósitos. Acompanhado dos frades Gonzalo Lucero e Bernardino de Minaya, chegou a Oaxaca em 1528, onde os três iniciaram seu trabalho apostólico. Minaya foi a Roma em 1527 para relatar a situação dos índios. Foi por ele que o Papa, na Bula Sublimis Deus de 1537, declarou a racionalidade dos índios e seu direito de governar-se, bem como de possuir bens.
A servidão desumana e a pesada carga de trabalho imposta aos indígenas pelos espanhóis motivaram revoltas às quais a Coroa teve que responder diretamente com leis justas e prudentes (embora em muitos casos fossem ignoradas). O espírito da Coroa foi influenciado de forma decisiva pela opinião de religiosos como Fray Bartolomé de las Casas, que escreveram: “... o que quero dizer e é verdade, é que os índios nasceram livres, que são por natureza e por essa religião Ele tira sua liberdade ou os coloca em servidão ”. Assim, foi nomeada uma segunda Audiencia, liderada por Sebastián Ramírez de Fuenleal (bispo em Hispaniola), que, ao passar para a Nova Espanha, foi imediatamente para Oaxaca onde conseguiu conter a revolta que começou nos vales centrais (Ejutla , Ocotlán e Mihuatlán).
O trabalho iniciado pelos dois primeiros missionários foi truncado quando Lucero decidiu ficar e morar em Tlaxiaco e ali construiu a igreja paroquial, enquanto Minaya, por pressão dos encomenderos perante a Audiencia, foi deportada para a Espanha.
Muitos mais religiosos chegaram durante os séculos XVI e XVII ao território que chamaram de Província de San Hipólito Mártir (1592) e que se estendia até a região dos Mixtecas. Construíram templos e conventos nas cidades mais importantes e com maior número de habitantes. Em primeiro lugar, eles aprenderam as línguas locais e escreveram a doutrina nessas línguas e vocabulários.
O cronista Fray Francisco de Burgoa diz que para conquistar o coração indígena foi necessário mostrar-lhes que procuravam a sua alma, não bens temporários; Por isso, Frei Betanzos exigia de seus religiosos “... extrema pobreza em alimentação, hábitos, calçados, viagens, cela, etc ... tinham duas tábuas para cama, um tapete para colchão, seu hábito como travesseiro e se cobriam com uma só manta ... Eles não provaram carne, vinho ou qualquer comida delicada. Muitas vezes, principalmente quando estavam entre os índios, só comiam feijão e tortilhas de milho, sem nenhum tipo de tempero ”.
Até o ano de 1679 em que Burgoa escreveu sua Geografia Descritiva, havia um total de 51 construções religiosas somente em Oaxaca e um número inexplicável de igrejas e ermidas construídas sob sua direção. Em 1540, todo luxo era proibido na construção de conventos para evitar gastos excessivos para os índios e fadiga.
Franciscanos, agostinianos, dominicanos e mercedários também se estabeleceram em Oaxaca, sendo sua obra em menor escala se comparada à obra dominicana. O clero secular foi estabelecido a partir do século 16; Ele lutou muito para tirar suas igrejas do clero regular e aos poucos foi bem-sucedido.
Assim, fundaram 18 conventos na região de Mixtec, entre os quais estão: Yanhuitlán, Teposcolula, Coixtlahuaca, Tamazulapan, Tonalá, Chila, Huajuapan, Juxtlahuaca, Jaltepec, etc. Na região zapoteca 23 conventos: Etla, Cuilapan, Zaachila, Santo Domingo de Oaxaca, Tlalxiaco, Tlacochahuaya, Teitipac, Jalpa del Marqués.
Na região do Mixe, quatro casas: Totontepec, Quetzaltepec, Juquila.
Na região de Chontal, quatro freguesias: Tequisistlán, Quiangoloni, Tlapacaltepec e Quiechapa. Na região de Huave, a freguesia de San Francisco del Mar.
