A conquista militar e espiritual espanhola trouxe consigo grandes mudanças no modo de vida indígena, que se refletiram, entre outros campos, na arquitetura.
As ordens mendicantes, encarregadas da evangelização da Nova Espanha, eram responsáveis pela arquitetura religiosa; Daí a intensa atividade de construção de um grande número de templos e conventos, cada um deles um magnífico exemplo da arquitetura da Nova Espanha.
A riqueza monumental da antiga Antequera é incalculável, apesar dos deslizamentos e estragos causados pelos terremotos, que deixaram pouco da arquitetura do século XVI. E embora a maioria dos edifícios civis e religiosos tenham tido que ser reconstruídos até duas ou três vezes ao longo do tempo, é precisamente essa natureza sísmica do terreno que definiu a arquitetura do lugar, que é ampla e baixa, robusta, com paredes grossas.
Em cada cidade de Oaxaca, em cada vila, encontramos belos monumentos que guardam em seu interior um bom número de retábulos e obras de arte de alta qualidade.
Em primeiro lugar, na Mixteca podemos admirar três importantes monumentos: o templo e antigo convento de San Pedro e San Pablo Teposcolula com uma capela aberta única de seu tipo. O templo e antigo convento de San Juan Bautista Coixtlahuaca, cujo templo possui uma fachada de descendência renascentista e uma capela aberta com relevos, obra indígena que mostra elementos da iconografia pré-hispânica. Finalmente, o templo e antigo convento de Santo Domingo Yanhuitlán, que contém excelentes retábulos barrocos e um órgão monumental recentemente restaurado.
Na Serra Norte encontramos outros monumentos que merecem uma visita, como o Templo de Santo Tomás com a sua bela fachada e retábulos barrocos, e Capulalpan de Méndez.
Nos Vales Centrais estão os templos de San Andrés Huayapan, Tlalixtac de Cabrera e San Jerónimo Tlacochahuaya. No templo de Tlacolula de Matamoros se encontra a capela do Senhor de Esquipulas, magnificamente decorada com motivos barrocos.
Como exemplo da arquitetura do final do século XVI e início do século XVII, temos o complexo de Santo Domingo de Guzmán, em cujo templo se podem ver magníficas decorações em gesso dourado; O Museu das Culturas está instalado no antigo convento. Outros templos localizados dentro do perímetro do Centro Histórico são: a Catedral, localizada em frente à Alameda de León, cuja construção data de 1535; a Basílica de Nossa Senhora da Solidão com sua fachada barroca; Santo Agostinho; San Juan de Dios (que era uma catedral provisória); A defesa; Nossa Senhora da Misericórdia; A Companhia, e o antigo convento de Santa Catalina de Siena, hoje convertido em hotel.
Mas é importante mencionar que a grandeza da arquitetura de Oaxaca reside na acumulação total de obras, que se referem não só a criações monumentais, mas também a construções modestas que adquiriram importante significado cultural ao longo do tempo, através das características que estão presentes na arquitetura local.