Nascido em Ozumba, Estado do México, em 1737, abraçou a carreira religiosa e foi ordenado sacerdote aos vinte anos.
Apesar de sua formação filosófica, desde muito jovem se preocupou com o conhecimento e a aplicação das ciências naturais, física, matemática e astronomia. Ele publica valiosas obras sobre assuntos científicos em jornais e revistas de sua época. Ele adquire renome internacional e é designado sócio correspondente da Academia de Ciências de Paris. Ele passa grande parte do tempo realizando experimentos científicos e montando uma vasta biblioteca. Ele é um colecionador de peças arqueológicas e espécimes raros de plantas e animais. Explore Xochicalco. Para homenageá-lo, em 1884 foi fundada a Sociedade Científica Antonio Alzate, que em 1935 se tornou a Academia Nacional de Ciências. Sua obra editorial mais conhecida são as notas à História Antiga do México, do jesuíta Francisco Javier Clavijero. Diz-se que é parente distante de Sor Juana Inés de la Cruz. Ele morreu na Cidade do México em 1799.
